Bước 1: Trong quá trình hoạt động nếu có sự sửa đổi, bổ sung điều lệ quỹ, Hội đồng quản lý quỹ gửi hồ sơ đến Ủy ban nhân dân cấp tỉnh (Sở Nội vụ) đề nghị thay đổi giấy phép thành lập và công nhận điều lệ (sửa đổi, bổ sung) quỹ.
Bước 2: Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cán bộ tiếp nhận hồ sơ xem xét hồ sơ và đề nghị bổ sung trong trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ và hợp pháp.
Bước 3: Sở Nội vụ nghiên cứu, thẩm định hồ sơ, thực hiện quy trình lấy ý kiến các cơ quan có liên quan; tổng hợp các ý kiến góp ý đề nghị bổ sung thêm hồ sơ theo ý kiến góp ý (nếu có).
Bước 4: Trong thời hạn 30 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ đầy đủ và hợp pháp, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét, quyết định cho phép thay đổi giấy phép thành lập và công nhận điều lệ quỹ. Trường hợp không đồng ý phải có văn bản trả lời và nêu rõ lý do.